พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียยังคงอยู่ในช่วงการสังหารหมู่ พ.ศ. 2508 – 2509 เมื่อไอดิตและโยโตถูกฆ่า ซูดิสมันขึ้นมาเป็นผู้นำก่อนจะถูกสังหารใน พ.ศ. 2510 พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียไปตั้งมั่นที่บลีตาร์ในชวาตะวันออกจนเดือนมีนาคม พ.ศ. 2511 จึงถูกโจมตี[9] ผู้นำรุ่นต่อมาคือ ซูกัตโน รุสลัน วิยายาซัสตราและอิสกันดาร์ ซูเบกตีถูกฆ่า สมาชิกพรรคบางส่วนหนีไปสาธารณรัฐประชาชนจีน บางส่วนไปยุโรปตะวันออก และยังดำเนินกิจกรรมทางการเมือง แต่ถูกโดดเดี่ยวจากการเมืองภายในอินโดนีเซีย ประธานาธิบดีวาฮิดได้เชิญชวนอดีตสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียกลับสู่อินโดนีเซียใน พ.ศ. 2542 และเปิดกว้างให้กับแนวคิดคอมมิวนิสต์ แต่มีกลุ่มแนวร่วมอิสลามอินโดนีเซียออกมาต่อต้านข้อเสนอของวาฮิดในเดือนเมษายน พ.ศ. 2543[10] ใน พ.ศ. 2547 อดีตสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียยังถูกขึ้นบัญชีดำในการเข้าทำงานกับรัฐ